Las instituciones religiosas jugaron un papel clave en el plan de Irena Sendler. Básicamente, la novela se centra en dos plenamente religiosas y en una tercera no específicamente religiosa. La última es la escuela de Wladislaw-Reymont, cuyo director, León Scheibet, participa activamente en los planes. Se ocupa de mantener a los niños ocupados en sus clases, asegurándoles una pronta reincorporación al sistema educativo para cuando la guerra finalice. Los más mayores, de catorce años, suelen incoporarse a las filas de los partisanos para luchar contra los alemanes.
La institución de Chomotow, Varsovia, a cuyo mando está la Hermana Matylda Getter, superiora de la Orden de la Marienfamilie, es uno de los más claros ejemplos de la ayuda recibida por Irena de las diversas instituciones religiosas polacas y católicas. Ningún asilo religioso se niega nunca a ayudar, aceptando a cuantos niños se les encomienda.
La institución de Turkowice, cerca de Lublin, a cargo de la Hermana Stanislawa, superiora de la Orden de las Hermanas de la Inmaculada Concepción, merece mención aparte. Dirigida por Jan Dobracynski, el jefe de Irena, desde Varsovia, es "gobernada" por su superiora como si de una república se tratara. De gran ayuda es también la Hermana Witolda. Ambas siempre están dispuestas a echar una mano a cualquier niño / a necesitado / a.
Todas estas instituciones ocultan a los pequeños hasta que finalice la guerra o sean adoptados por alguna familia polaca católica. Enseñan a los niños judíos cantos y rezos católicos y la lengua polaca, algo básico para su subsistencia fuera de su comunidad, y les colman de todo tipo de cuidado y atenciones.